Jaroslav Vodňanský se narodil 26. dubna 1936. Studoval hru na violoncello a dirigování na Pražské konzervatoři a dále pokračoval na Akademii múzických umění v Praze pod vedením Aloise Klímy a Václava Smetáčka, kde absolvoval v roce 1965. V roce 1970 se stal finalistou dirigentské soutěže Pražského jara.
Během své kariéry působil v několika orchestrech, včetně Východočeského státního komorního orchestru v Pardubicích (1969–71), Armádního uměleckého souboru Víta Nejedlého (1971–1978), Středočeského symfonického orchestru Poděbrady (1972–1974) nebo Státního komorního orchestru Žilina (od roku 1990).
V roce 1975 založil Jihočeský státní komorní orchestr v Českých Budějovicích (později přejmenován na Jihočeská komorní filharmonie České Budějovice), kde působil jako šéfdirigent až do konce 80. let.
Vodňanský se také věnoval pedagogické činnosti na konzervatořích v Žilině (1992–1993), Praze (1994–2000) a Českých Budějovicích (1999–2001). Vedl dirigentské kurzy v Jižní Koreji (1999–2001) a vystupoval na mezinárodních pódiích v USA, Německu, Španělsku, Číně a dalších zemích.
Jaroslav Vodňanský zemřel v sobotu 10. května po dlouhé těžké nemoci.
Poslední rozloučení proběhne v pátek 16. května 2025 od 11:00 hodin v bazilice sv. Ludmily na Náměstí míru v Praze.
